隨著網站的增加，越來越多的建站系統隨之出現，因為作為一般的 SEO 自助建站人員，並不會編寫網站的後台程序，網站的建站系統包括：織夢、 discuz 系統、 phpcms 、 phpwindWordPress 論壇系統等，這些建站系統都很方便，並且建站方式單一，對於不懂編製基礎的人來說，下載一個建站系統軟體，就可以實現建站的目標，但是有很多建站系統不利於 Google 和百度搜索引擎 優化，需要完善。
一、開源的建站系統容易被掛黑鏈, 大部分人使用的建站系統是網路資源，那麼會有一些黑客利用建站系統是開源的，輕鬆找到網站的資料庫，修改成他們所需要的內容，但是還有很多站長使用開源系統建站，並不懂得如何修改其中的內容，這就給黑客有機可乘的機會，從而造成了巨大的損失。
二、功能不全, 一些建站系統的功能並不能滿足 SEO 自助建站人員的要求，有的建站系統不支援網站模組的新增，導致使用者體驗下降，這樣的建站系統並不利於網站優化，還有一些進展系統不能符合本身的需要，例如 WordPress 自助企業網站需要搜索框、網站內容需要新增關鍵詞等而建站系統並不能滿足各種各樣的建站需求。
三、生成的程序碼不利於網站優化, 人員都應該知道網頁的冗長程序碼過多，不利於 Google 和百度搜索引擎 抓取網站的內容，雖然現在的建站系統不斷在完善，但是還有一些建站系統在生成文章時，會帶有大量的冗長程序碼，這樣的建站系統不利於網站優化。
建站系統降低了網站搭建的難度，一定程度上也節約了成本，但是在優化網站時，應該盡量避免有上述問題的建站系統。